現在大多數凈化區在頂棚送風口安裝高效過濾器的，安裝方法和安裝前的確認完全決定了高效過濾器是否有漏點。而安裝前的確認更為高效安裝時提供了有效的客觀條件。所以在安裝時必須注意以下一些問題。
解決高效過濾器邊框和靜壓箱之間的漏點是檢漏過程中最重要的一環。高效過濾器剛出廠時一般經過檢漏，所以其濾材本身的漏點不多。所以最主要是過濾器邊框和靜壓箱之間的連接處有漏點。特別是百級層流罩上，漏點的多少和漏縫的大小會對產品造成不同程度的影響。在我們檢測的幾家大型藥廠都出現過這個問題。
在高效過濾器安裝前，空氣凈化系統通風管道必須進行清潔，一般在風管吊裝前先用清潔劑或酒精將內壁擦洗干凈，然后清洗空調箱內部，再安裝或清洗初效及中效過濾器。然后對潔凈室進行全面清掃、擦凈，凈化空調系統內部如有積塵，應再次清掃、擦凈，達到清潔要求。如在技術夾層或吊頂內安裝高效過濾器，則技術夾層或吊頂內也應進行全面清掃、擦凈。
潔凈室及凈化空調系統達到清潔要求后，凈化空調系統必須試運轉。連續運轉12h以上，再次清掃、擦凈潔凈室后立即安裝高效過濾器。
安裝高效過濾器的框架應平整。每個高效過濾器的安裝框架平整度允許偏差不大于1mm。靜壓箱表面應噴涂上高耐強老化的涂料。
在安裝現場拆開包裝進行外觀檢查，內容包括濾紙、密封膠和框架有無損壞;邊長、對角線和厚度尺寸是否符合要求;框架有無毛刺和銹斑;有無產品合格證，技術性能是否符合設計要求。經檢查不合格的應立即更換。安裝時應根據各臺過濾器的阻力大小進行合理調配，潔凈度級別等于和高于100級潔凈室的高效過濾器，在同一風口或送風面上的各過濾器之間，每臺額定阻力和各臺平均阻力相差應小于5％。
安裝高效過濾器時，外框上箭頭應和氣流方向一致。當其垂直安裝時，濾紙折痕縫應垂直于地面。高效過濾器和框架之間的一般采用密封墊，墊的厚度不宜超過8mm，壓縮率為25％～30％。目前國內大多數過濾器安裝都是采用密封墊法安裝的。因為海綿橡膠板是閉孔型的，具有良好的氣密性，所以一般用它作為作密封材料。如有必要，最好在密封條上均勻的打上點玻璃膠。把過濾器和靜壓箱連接上時，四周受力要均勻。待24小時后，玻璃膠干了再運行凈化系統。
